Die zahlreichen Innenhöfe sind ein Charakteristikum der Residenz. Die meisten entstanden im Zuge der fortlaufenden baulichen Erweiterungen bei der anschließenden Anbindung der neuen an die älteren Trakte.
Andere, etwa der 1958 eröffnete Comitéhof oder der intime Kabinettsgarten neben der Allerheiligen-Hofkirche, fanden ihre heutige Form erst während des Wiederaufbaus.
Vor allem Brunnen- und Kaiserhof kamen als Verteiler-, Empfangs- und Zugangszonen zur Residenz sowie als Schauplätze höfischer Feste und Zeremonien hohe Bedeutung zu.
Der unter Herzog Albrecht V. errichtete Antiquariumstrakt bildet den Südflügel einer unter Herzog Maximilian I. arrondierten, achtseitigen Hofanlage. Ihren Namen verdankt sie der zentral platzierten Brunnenanlage, die von einer Bronzestatue Ottos I., des ersten bayerischen Herzogs aus dem Haus Wittelsbach, bekrönt wird.
Im 17. Jahrhundert diente der Brunnenhof mit seinen charakteristischen Giebelarchitekturen mehrfach als repräsentativer Rahmen für höfische Turnierfeste. Nur hochrangige Besucher durften hier mit ihrer Kutsche Einfahrt halten.
Zwischen 1612 und 1616 ließ Maximilian I. die Trakte um den Kaiserhof errichten. Der Nordflügel gegenüber dem neuen Hofgarten nahm die Eingangs- und Empfangsräume sowie die monumentaleKaisertreppe auf. Die Raumfolge im Westtrakt war Kaiserbesuchen vorbehalten. Seinerzeit war der Kaiserhof nur bei hochrangigen zeremoniellen Anlässen geöffnet.
Von 1581 bis 1589 ließ Herzog Wilhelm V. im Anschluss an das unter Herzog Albrecht V. erbaute Antiquarium einen Sommerpalast um einen Gartenhof errichten. Dieser Binnenhof erhielt nach der an der westlichen Antiquariumsfassade angelegten Brunnen- und Muschelwand den Namen Grottenhof.
Maximilian I. ließ westlich der Grottenhofbauten Wilhelms V. von 1603 bis 1630 die Hofkapelle erbauen. Nach ihr ist der schmale Hof benannt, den man von der Residenzstraße her durch ein mächtiges, von zwei Löwen flankiertes Portal betritt.
Maximilian I. ließ Teile der mittelalterlichen Neuveste niederlegen und die Reste über Korridore mit den neuen Kaiserhoftrakten verbinden. Dadurch entstand östlich des Kaiserhofs der damals so genannte Küchenhof.
Ab 1832 wurden unter König Ludwig I. durch den Architekten Leo von Klenze in diesem Bereich neue Trakte angelegt, die im Anschluss an den barocken Nordflügel des Kaiserhofs und gegenüber dem Marstallplatz emporwuchsen. Während dieser neue „Festsaalbau“ auf der Nordseite die Repräsentationsräume der Monarchie aufnahm, war im Ostflügel unter anderem die Hofapotheke untergebracht, in der Max von Pettenkofer (1818-1901) wirkte (heute befindet sich dort das Cuvilliés-Theater). Seither hat sich der Begriff Apothekenhof eingebürgert.
Das kleine dreieckige Höfchen zwischen dem Antiquarium, den Grottenhoftrakten mit den Reichen Zimmern im Obergeschoss und der Grünen Galerie erhielt seinen Namen nach einem Kabinett, in dem die im 18. Jahrhundert, im Zeitalter des Rokoko, getragenen Perücken weiß gepudert wurden.
Dieses Puderkabinett, das von den rückwärtigen Räumen der im Obergeschoss des Antiquariumstraktes liegenden Kurfürstenzimmer aus zugänglich war, wurde 1944 zerstört. Das mit einem Glasdach überbaute Höfchen ist nicht zugänglich.
Mit Errichtung des Königsbaus am Max-Joseph-Platz, der nach Entwürfen des Architekten Leo von Klenze von 1826 bis 1835 als Wohnpalast für König Ludwig I. erbaut wurde, entstand an Stelle einer älteren Gartenanlage der seither so genannte Königsbauhof, dessen östlichen Abschluss die von 1731 bis 1733/1737 nach Entwürfen von François Cuvilliés d.Ä. errichtete Grüne Galerie bildet.
Der hinter der Grünen Galerie und der 1897 unter Prinzregent Luitpold errichteten Alten Schatzkammer (heute Museumskasse) gelegene Küchenhof erhielt seinen Namen nach der seinerzeit im Erdgeschoss des Königsbaus untergebrachten Küche. In den ehemaligen Küchenräumen wurde nach den Kriegszerstörungen der Residenz 1944 im Zuge des Wiederaufbaus die Schatzkammer der Münchner Residenz eingerichtet.
Zwischen den nach 1832 errichteten klassizistischen Trakten auf der Ostseite des Apothekenhofs und der Allerheiligen-Hofkirche entstand ein Hof, der durch eine Mauer gegen den Marstallplatz abgegrenzt war und nur durch eine schmale Öffnung betreten werden konnte. Als abgeschlossener Gartenraum erhielt er die Bezeichnung Kabinettsgarten; er ist seit Abschluss der Neugestaltung im Jahr 2003 öffentlich zugänglich.
Im Zweiten Weltkrieg wurde das von François Cuvilliés d. Ä. zwischen 1751 und 1755 errichtete Cuvilliés-Theater zerstört. Die ausgelagerten und deshalb geretteten Logenverkleidungen des Zuschauerraums wurden beim Wiederaufbau der Residenz im so genannten Apothekenstock eingebaut. Zwischen dem Theaterraum und dem Brunnenhof wurden um einen neu angelegten, achteckigen Bereich, das sogenannte Zierhöfchen, Foyer- und Garderobenräume angeordnet.
Im Rahmen der 2008 abgeschlossenen Sanierung des Cuvilliés-Theaters wurde das Zierhöfchen umgestaltet und erhielt ein Glasdach. Außerdem wurde es in "Comité-Hof" umbenannt, nach dem "Comité Cuvilliés", einer Initiative von Privatleuten, die mit der Sammlung von Spenden dazu beitrugen, die Sanierung des Cuvilliés-Theaters zu ermöglichen.
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